基本操作方法是以鼠标操作为主，并由键盘辅助。鼠标作用在游戏中的所有操作，一般左键表示确定。键盘则是在输入文字和一些快捷指令时使用。

一、移动

在任意地图上点击鼠标左键，会往点击的地点移动。持续点住左键的话，人物会往所指的方向持续的移动，并跟随着鼠标指针移动。移动时，因为一边读取地图的资料，第一次抵达的地方，有时移动上会有有所延迟。

二、方向转移

点鼠标右键，人物的方向就会依鼠标指针的方向变换。

三、对话

用键盘输入要对话的文字，按ENTER键，可以将讯息送到附近的玩家或团队内的人物。输入中文时，请用键盘的“Ctrl”+“空格”键启动“中文输入法”。输入中的文字列表示在画面下方。和村人及店员等NPC对话需要与NPC面对面，然后任意输入文字并按“回车（Enter）”键即可。

四、看板、告示板

请面对着看板或告示板按鼠标左键。

五、道具

由地面拾起，或店内购得，以及战斗胜利后取得，都会记录到道具视窗内。
1.使用道具：在道具视窗内，针对要使用的道具点两下即可。在团体的状态下，选定要使用这个道具的人物，在其名字的地方点一下即可。在战斗状态下，可双击道具进行装备的更换或者使2.
当身上道具已满时，不可拾获新的道具。只有将道具存于道具屋（一般在村中的便利店中）后或经过使用使得道具栏空出位置后，才可以重新拾获道具。
3.丢弃道具：将道具视窗内要丢弃的道具拉到视窗外的地面即可。

六、功能视窗栏

将鼠标指针移到画面最下方，就会出现功能视窗，包括地图、状况、宠物、道具、邮件、相簿、系统。点击栏位中各相对应的按键后，视窗就会开启。

七、功能按键

功能按键在画面的左上方，由左至右分别为：选项键、名片交换键、组队键、交易键、家族键、参战键、决斗键及动作键。

（一）选项键
可进行以下的设定。

（二）名片交换键
在交换名片时使用，详情请参照后述的“交换名片”部分的说明。

（三）组队键
玩家可以组成冒险队伍，一旦组成队伍之后，移动的操作就只有队伍的领导人可以操纵，领导人以外的玩家会自动跟随在领导人后面。在组队状态下不管进入任何战斗，都是有整组人一起应付的。
队伍的组成和参加方法：
1.想做领导人的玩家，需将自己的组队选项设定为YES。
2.想加入队伍的其他玩家则需要面向队伍领导人，点选组队按键即可加入队伍。
3.脱离队伍和解散队伍：玩家在已参加队伍的情况下再点选一次组对按键即脱离队伍，身为领导人的玩家脱离队伍后，即为队伍解散。

（四）交易键
1.接受交易要求的玩家必须将交易设定为YES。
2.玩家需面对交易对象点选交易按键。进入交易画面后，将想要交易的道具或宠物用鼠标左键连点两下或以拖拽的方式放进交易栏上，当双方都按下OK后，则交易完成。

（五）家族键
1.家族频道：为家族成员交流、聊天的专用频道。可分为多个频道和家族全体频道。
2.族长功能：只有身为家族族长才能行使的职能。
3.族长广播：利用族长广播向家族全体成员发布信息，所有在线的家族成员都能看到这条信息。
4.家族成员管理：可更改家族成员信息，并可设定家族是否继续招募成员。
5.家族邀请函：只有九大庄园的族长才有权利制作家族邀请函，有邀请函的玩家可以在邀请函所属庄园内任意出入各个房间。

6.学习同意书：就是骑宠同意书，只有持此同意书的玩家才可在相应的庄园内学习骑宠技能。
7.族长让位：就是让位给家族的其他成员。

（六）参战键
1.如果遇到在战斗出现HELP符号的其他玩家，可以在靠近他们并将方向转为面向他们后，按下此键即可加入战斗帮助玩家。
2.如果在战斗中的玩家人数为5个时，将无法再加入战斗。

（七）决斗键
1.准备接受战斗要求的玩家，须在功能选项里面将决斗设定为YES。
2.要求对战的玩家可在邻近对手后，面向他，点下决斗键。进入战斗后，要求对战的个人或团体会出现在战斗画面的右下方。对战胜的一方可以得到决斗分数（DP）；反之，失败的一方将失掉分数。所选对手和团队的领导人如果将决斗键设为NO的话，是无法进行决斗的。玩家之间的决斗得不到任何经验值，而对其他玩家及其宠物也无法进行捕获的动作。

（八）动作键
点选此键后会出现动作的明细表。《石噐時代ONLINE海贼王遗迹》中一共提供了13种极富喜剧效果的动作，点击后会出现动作的明细表，玩家可以选择自己喜欢的动作。
战斗中：点击鼠标左键可以选择指令、动作及人物，点击鼠标右键即取消指令。

八、切换到Windows模式

按“Alt”+“Enter”键，切换到视窗模式。
切换Windows模式只适用于256色或者16色的设定时。